Paint.NET propose tous les outils nécessaires pour modifier une image. Il est possible de couper, de copier, de coller des éléments d'une image et de lui appliquer un certain nombre d'effets. La possibilité d'utiliser des calques augmente énormément sa potentialité.
Il est possible d'utiliser plusieurs calques pour traiter une photo ou une image. Ce genre de fonction se trouve sur des logiciels professionnels compliqués ou payants. Il est permet d'enrichir le rendu de l'image en ajoutant un ou plusieurs calques. Cette fonction permet de conserver l'image originale de tout traitement. Pour trouver de l'aide dans la manipulation, il suffit d'accéder à la communauté en ligne. La communauté propose un forum, des tutoriels, mais aussi des plug-ins. Pour des problèmes précis, on peut poser des questions sur le forum. L'inscription est obligatoire pour utiliser le forum. Pour améliorer ou retoucher des images, Paint.NET propose des effets pour cela. On trouve par exemple des effets pour la suppression des yeux rouges, la création de distorsion ou de bruit et bien plus encore.
