La zone d'intervention du CILSS est régulièrement affectée par des crises alimentaires à répétition, la crise énergétique, l'avancé de la désertification, la pression démographique, la variabilité et les changements climatiques. Face à ces difficultés, les défis majeurs que le CILSS doit relever sont entre autre la sécurité alimentaire, la gestion durable des ressources naturelles, la maitrise de l'eau, la fluidification des échanges intra régionaux des produits agro-pastoraux, la transition démographique, en d'autres termes le développement durable.