L'objectif de cette étude était de connaître la qualité microbiologique du lait cru produit au Niger et de la comparer avec des méthodes de production similaires dans d'autres pays. Pour ce faire, nous avons énuméré des indicateurs microbiologiques qui reflètent la qualité hygiénique et la sécurité du lait cru (coliformes, Escherichia coli et Staphylococcus aureus) et nous avons ensuite effectué des analyses méta génétiques afin d'avoir une image globale du microbiote. L'utilisation de l'analyse méta génétique a permis d’obtenir un aperçu des compositions bactériennes indigènes dans le but d’améliorer la sécurité et l'innocuité de ces produits. La qualité du lait cru a été estimée grâce à une technologie de séquençage à haut débit dénommée méta génétique de l'ADN 16S (aussi appelée analyse métagénomique ciblant l'ADN ribosomique 16S).
L’analyse de la filière laitière dans la région de Maradi au Niger et la coagulation du lait par l’extrait de feuilles de Calotropis procera sont les principaux axes sur lesquels nous avons mené nos travaux. Les objectifs de la thèse étaient dans un 1er temps de collecter des informations sur la production, la transformation, la distribution et la consommation du lait et des produits laitiers dans la région de Maradi. L’enjeu de ce travail était de décrire la filière laitière dans une ville secondaire du Niger afin de faciliter l’orientation des interventions et stratégies en matière d’élevage laitier et de transformation du lait par les politiques du pays.