La matière organique fournit de la nourriture pour les microbes du sol, augmente les activités microbiennes et les processus de transformation, améliore les propriétés physiques du sol telles que la structure, la capacité de rétention d'eau, l'aération, le pouvoir tampon du sol et le pH...Le compost est de la matière organique et le lombricompostage est une variante du compostage reposant sur l'utilisation de lombrics (les vers de terre) pour filtrer et transformer la matière organique. Les molécules organiques peuvent également être issues de réactions chimiques qui ne sont pas d'origine biotique.