Le charbon bactéridien, appelé aussi fièvre charbonneuse, ou anthrax en anglais, est une maladie d'origine bactérienne qui touche principalement le bétail : bovins, ovins, caprins, dromadaires et chevaux. Le charbon bactéridien est une maladie infectieuse aiguë particulièrement mortelle et virulente, présente au Niger. Cette maladie est une zoonose, c’est à-dire qu’elle affecte principalement les animaux mais peut également atteindre l’homme.
La maladie de la grippe aviaire, ou influenza aviaire, constitueune menace pour les éleveurs de volaille. Cette maladie est apparue au Niger en 2006. Depuis, elle réapparait plus ou moins régulièrement. Ainsi, en début 2022, une épizootie a sévi dans les régions de Niamey, Dosso et Tillabéri, et a causé la mort de 90 000 sujets de volaille. En décembre 2022, des foyers de la maladie ont été identifiés dans la Région de Tahoua et à Niamey et environ 10 000 volailles ont dû être abattues.