L'objectif de cette étude était de connaître la qualité microbiologique du lait cru produit au Niger et de la comparer avec des méthodes de production similaires dans d'autres pays. Pour ce faire, nous avons énuméré des indicateurs microbiologiques qui reflètent la qualité hygiénique et la sécurité du lait cru (coliformes, Escherichia coli et Staphylococcus aureus) et nous avons ensuite effectué des analyses méta génétiques afin d'avoir une image globale du microbiote. L'utilisation de l'analyse méta génétique a permis d’obtenir un aperçu des compositions bactériennes indigènes dans le but d’améliorer la sécurité et l'innocuité de ces produits. La qualité du lait cru a été estimée grâce à une technologie de séquençage à haut débit dénommée méta génétique de l'ADN 16S (aussi appelée analyse métagénomique ciblant l'ADN ribosomique 16S).
Au Niger, pays sahélien à vocation essentiellement agro-pastorale, l’élevage est une activité traditionnelle pratiquée par plus de 87 % de la population soit en tant qu’activité principale soit comme activité secondaire. Mais, à l’instar des autres pays de l’Afrique subsaharienne, malgré l’importance numérique des animaux de rente, les ressources en protéines animales de qualité restent encore insuffisantes, ce qui constitue un obstacle à la lutte contre la malnutrition et la pauvreté (NIGER ,2012). Afin de pallier ces déficits, l’accent a été mis depuis quelques années, sur le développement de l’élevage des espèces à cycle court, notamment la volaille, dans l’espoir de fournir aux populations des produits animaux de haute valeur nutritive à faibles coûts (DAHOUDA et al. ; 2009). C’est dans cette dynamique qu’au Niger, l’aviculture est présente dans la majorité des exploitations agricoles et ménages ; et bien qu’elle soit largement sous forme traditionnelle, elle contribue significativement à la sécurité alimentaire et à la lutte contre la pauvreté. Par exemple, de nombreux éleveurs propriétaires de troupeaux prestigieux de bovins, affirment avoir débuté avec un modeste élevage de volailles (NIGER, 2008).