L’agriculture biologique, considérée comme une des approches de l’agriculture durable, se base sur le respect des écosystèmes naturels. Elle implique une inspection et une certification.
Le document « Guide de Bonnes Pratiques Phytosanitaires » détaille toutes les pratiques phytosanitaires liées à la production du fruit ou légume concerné et propose essentiellement des substances actives soutenues par les fabricants des Produits de Protection des Plantes dans le cadre de la Directive Européenne 91/414 et devant respecter les normes Européennes en matière de résidus des Produits de Protection des Plantes. Au stade actuel ces substances actives n’ont pas été testées en pays ACP par le PIP pour vérifier la conformité avec les LMR européennes. Les informations données sur les substances actives proposées sont donc dynamiques et seront adaptées en continu selon les nouvelles informations que rassemblera le PIP.
Le manguier doit faire face à de nombreux problèmes phytosanitaires. En Afrique de l’Ouest, l’importance économique des dégâts causés par les mouches des fruits (Diptera Tephritidae) s’est accrue aussi bien au niveau des manguiers de case, que des vergers de
petits producteurs ou des vergers à vocation industrielle. L’introduction et la dispersion en Afrique d’une espèce de mouche des fruits originaire du Sri Lanka, Bactrocera invadens, détectée en Afrique de l’Est en 2003 pour la première fois puis découverte en Afrique de l’Ouest par l’IITA au Bénin en 2004, pourrait remettre en question les succès commerciaux engrangés récemment par cette filière.