Le Conseil National de la Recherche Agronomique se réunit deux fois par an en session ordinaire. Il peut se réunir en session extraordinaire sur convocation de son Président. Ses délibérations sont soumises au Gouvernement pour approbation. Le CNRA est assisté dans son fonctionnement par un Secrétariat Permanent qui est chargé d’exécuter ses décisions, de veiller au bon fonctionnement de l’ensemble du système de recherche Agronomique, d’assurer la coordination des actions, le suivi et la mise en œuvre du plan stratégique des projets et programme de la recherche.
Le Programme Prioritaire de Recherche (PPR) « Cultiver et Protéger Autrement » se situe dans une perspective originale, en posant le scénario extrême d’une agriculture « sans pesticides », non prescriptif, mais qui oblige à explorer de nouvelles voies de recherche. Scénario non prescriptif, car le PPR ne donne pas, a priori, le chemin à suivre aux agriculteurs, chemin qui devrait être mis en débat avec les agriculteurs et la société au regard des connaissances disponibles aujourd’hui. L’objectif est d’entreprendre des recherches dans ce cadre « sans pesticides » afin d’explorer de nouveaux fronts de science et de développer des connaissances et des solutions disponibles à la fois pour une réduction significative de l’usage des pesticides à court terme et pour des innovations futures. À plus long terme, et grâce à ces innovations, l’objectif est bien de développer une agriculture sans pesticides, pour toutes les productions et sur tous les territoires. Se fixer un tel cap permet ainsi à la fois d’ouvrir des fronts nouveaux de recherche et de produire dès aujourd’hui des connaissances pour construire demain l’ensemble des solutions permettant de répondre à la demande sociétale d’une agriculture sans pesticides.