La non durabilité de l'usage des eaux souterraines pour l'irrigation est un problème important non seulement pour les pays qui font un usage intensif des eaux souterraines, mais aussi pour le monde dans son ensemble. La disponibilité et la mobilisation des eaux souterraines constituent un facteur constituent un préalable pour la pratique et la promotion des cultures irriguée. Dans les vallées du bassin versant la pratique des cultures maraichères est possible du fait de l’existence de nappe alluviale dont la profondeur du niveau statique n’excède pas les 15m. La recharge se fait par infiltration des eaux de pluies et de ruissèlement. Elle dépend fortement du temps de résidence sur les surfaces des zones de recharge. Pour accroitre ce temps dans les vallées, le projet Badaguichiri construira des seuils d’épandage au niveau de plusieurs vallées.
Le CNSEE responsable du volet suivi écologique et environnement au niveau dudit projet envisage de suivre l’effet des seuils qui seront construit sur la recharge de la nappe phréatique. Cette information constituera un outil d’aide à la décision pour la promotion des cultures irriguées en général.