Cette mission est la deuxième exécutée conjointement par la Direction du Sous/Programme Développement Rural et la Direction et Direction des Appuis au Développement Communautaire. Elle s'inscrit dans le cadre du PTA 2013 et a pour but la supervision d'un échantillon de Banques Céréalières (BC) et Banques de Soudure (BS) mises en place entre 2009 et 2012 dans les Régions de Tahoua et Maradi.
La mission de contrôle interne du PRODEX a pour but d'un coté d'assurer la protection, la sauvegarde du patrimoine et la qualité de l'information et de l'autre l'application des instructions de la Direction et de favoriser l'amélioration des performances. Il vise fournir une assurance raisonnable quant aux objectifs suivants : 1) Optimisation des processus d'activités et des activités d'un service , 2) Fiabilité des informations financières et de gestion ; 3 (Conformité aux lois et aux réglementation en vigueur.