Le manguier doit faire face à de nombreux problèmes phytosanitaires. En Afrique de l’Ouest, l’importance économique des dégâts causés par les mouches des fruits (Diptera Tephritidae) s’est accrue aussi bien au niveau des manguiers de case, que des vergers de
petits producteurs ou des vergers à vocation industrielle. L’introduction et la dispersion en Afrique d’une espèce de mouche des fruits originaire du Sri Lanka, Bactrocera invadens, détectée en Afrique de l’Est en 2003 pour la première fois puis découverte en Afrique de l’Ouest par l’IITA au Bénin en 2004, pourrait remettre en question les succès commerciaux engrangés récemment par cette filière.
La production malienne annuelle de mangues est estimée à 100.000 tonnes globalement dont rarement plus d’un pour cent est exporté. Les principales raisons de la modestie de ce tonnage exporté sont d’ordre structurel et d’ordre phytosanitaire principalement à cause des mouches des fruits dont les dégâts sont estimés à plus de 50 % de la production.