Le Conseil National de la Recherche Agronomique se réunit deux fois par an en session ordinaire. Il peut se réunir en session extraordinaire sur convocation de son Président. Ses délibérations sont soumises au Gouvernement pour approbation. Le CNRA est assisté dans son fonctionnement par un Secrétariat Permanent qui est chargé d’exécuter ses décisions, de veiller au bon fonctionnement de l’ensemble du système de recherche Agronomique, d’assurer la coordination des actions, le suivi et la mise en œuvre du plan stratégique des projets et programme de la recherche.